Seperti diketahui lokasi Pura-pura kahyangan di Bali banyak mengambil tempat di pantai, pegunungan, danau dan juga hutan, dan Pura Pabean salah satunya adalah pura yang terletak di pinggir pantai, Pura menghadap laut lepas menyuguhkan pemandangan alam yang indah, lokasinya di jalan raya Gilimanuk – Seririt, desa Banyu Poh, Kec. Grokgak, Kab. Buleleng. Jarak dari pusat kota Singaraja sekitar 50 km, jarak dari Gilimanuk sekitar 35 km sedangkan jarak dari Denpasar cukup jauh sekitar 120 km.

Pura Pabean sendiri berada di seberang jalan pura Pulaki, letaknya berdekatan, jaraknya berkisaran 150 meter, bisa dijangkau dengan jalan kaki. Pura Pabean merupakan lima buah pura yang menjadi pesanakan Ida Bhatara di Pura Pulaki (pesanakan Ida Bhatara Sami), pura tersebut diantaranya Ida Bhatara Pulaki, Ida Bhatara Pabean, Ida Bhatara Melanting, Ida Bhatara Mutering Jagat di Pemuteran dan Ida Bhatara Kertaning Jagat. Kelima pura tersebut berdekatan dan mudah dijangkau, sehingga mereka yang ingin melakukan kegiatan Tirta Yatra bisa pedek tangkil (bersembahyang) ke pura tersebut dengan mudah.

Pabean adalah merupakan sebuah instansi yang mengatur, mengawasi dan memungut bea masuk dan keluar baik itu melalui darat maupun udara. Pabean, berasal dari kata bea, yang berhubungan berhubungan dengan aktivitas pengenaan bea cukai bagi kapal-kapal asing yang ingin berlabuh di tempat ini, cerita masa lalu tersebut memang berhubungan dengan berdirinya Pura Pabean tersebut. Di tempat inilah dulunya berlabuhnya kapal-kapal dagang dari luar Bali yang berasal dari berbagai kalangan dan kepercayaan, sehingga tidak mengherankan perwujudan visual Pura Pabean ini sebagai akulturasi budaya Hindu Bali, Cinda dan Islam.

Pura Pabean menyimpan berbagai kisah para pelaut yang bersandar di tempat ini, menjadi nostalgia persinggahan bagi para pelaut luar Bali. Kini ditempat ini berdiri sebuah pura yang berada pada sebuah bukit kecil, menyuguhkan hamparan laut biru, dengan suasananya yang tenang dan damai. Pura Pabean dikenal sebagai stana Dewi Ayu Manik Mas Subandar atau disebut juga Geriya Konco Dewi

Akses masuk ke Pura Pabean cukup unik, yaitu melalui jalan naik melingkar seolah mengelilingi pura, ditemani pemandangan laut yang indah, pada bagian bawah terlihat hamparan laut lepas, desiran angin laut terasa menyegarkan, pemandangan yang indah tersebut menjadi tempat ideal untuk foto selfie mengabadikan perjalanannya di Pura Pabean, apalagi saat sampai di pintu gerbang utama menuju Pura Pabean terlihat candi sebuah candi yang bagian atasnya berbentuk melingkar, setengah lingkaran dengan ukiran dan ornamen seni yang indah.

Sebagai tempat aktivitas yang cukup ramai di masa lampau, tempat ini ditemukan juga piring dari Cina serta kerangka manusia yang memakai gelang-gelang, dan menurut peneliti peninggalan tersebut berasal dari dinasti Yim dan umurnya sekitar 2.500 SM, sebuah peradaban yang cukup tua saat bangsa asing menjelajahi laut dan menjadikan tempat ini persinggahan, menjadi bagian sejarah berdirinya pura Pabean.

Pura Pabean juga berkaitan dengan perjalanan suci Dang Hyang Nirartha ke Bali, sehingga pura ini menjadi bagian dari pura pesanakan Ida Bhatara Sami pura Pulaki. Kapal-kapal asing yang datang baik itu dari China, Melayu dan Bugis pada masa penjajahan kolonial Belanda tentu membawa kultur yang berbeda-beda, itu semua tercermin dalam wujud visial pura Pabean. Ada sejumlah pelinggih yang ada di pura Pabean ini, diantaranya Pelinggih Padmasana, Ratu Anglurah, Ida Ratu Syahbandar, Dewi Ayu Manik Mas, Dewi Kwam Im, Anglurah Polos, Lingga Ida Bhatara Mpu Kuturan, Lingga Ida Hyang Baruna, Pengaruman agung dan Bale Kulkul.

Arsitektur pura Pabean yang berdiri cantik di pinggir pantai ini ada hasil karya arsitek Ida Bagus Tugur, menggunakan bahan baku berupa batu padas hitam, dipugar pada tahun 1995, kemudian dipelaspas (diupacarai) alit di tahun 1999, dan upacara ngenteg linggih pada tanggal 19 November 2002, bertepatan dengan purnama Kalima. Piodalan atau pujawali di Pura Pabean adalah Panglong Empat (4 hari setelah) purnama Kapat.